В учреждении внедрена система менеджмента качества на основе международного стандарта ISO 9001:2008. Целью ее функционирования является достижение стабильных показателей, планирование и реализация значимых для перинатального центра целей в области качества, гарантированное их достижение при оптимальном использовании ресурсов.